El Órgano de Gobierno del PEHU es la Comisión General, que está compuesta por el Presidente de la Diputación, la Subdelegada del Gobierno de la NAción en Huelva, el Delegado del Gobierno de la Junta de Andalucía en HUelva, el Alcalde de Huelva (o persona en la que delegue) y las personas que ostenten las presidencias de las comisiones de trabajo.

Est eórgano, estará asistido por el equipo técnico del Plan, compuesto por el Jefe de Servicio de Desarrollo Local e Innovación Empresaria y la Coordinadora de la Oficina Técnica del PEHU de la Diputación de Huelva.

También forman parte de la Gobernanza del PEHU, las Comisiones de Trabajo constituidas en la fase de planificación estratégica:

- Sectoriales:

       * Agricultura, ganadería y pesca y su industria asociada.

       * Industria.

       * Turismo.

       * Comercio y servicios.

- Transversales:

       * Innovación.

       * Desarrollo Sostenible.

       * Infraestructuras.

       * Sociedad, empelo e igualdad.

Todos los miembros de las comisiones de trabajo constituyen el Plenario del PEHU, que se reunirá mediante convocatoria de la presiedencia y velará por que las decisiones y acuerdos adoptados se tomen con el máximo consenso posible.