El PEHU aplica una metodología basada en las siguientes líneas maestras:
- Coherencia con las políticas europea, nacional y autonómica.
Así, se alinea con la Estrategia Europa 2020, que propone tres prioridades que se refuerzan mutuamente: crecimiento inteligente, sostenible e integrador, y que, además, establece cinco ambiciosos objetivos en materia de empleo, innovación, educación, integración social y clima/energía.
También es coherente con el Acuerdo de Asociación de España 2014 - 2020 y con sus objetivos temáticos relacionados con la innovación y el desarrollo tecnológico, la competitividad de las pequeñas y medianas empresas, la transición hacia una economía baja en carbono en todos los sectores, la adaptación al cambio climático y la conservación del medio ambiente, el aumento de la calidad en el empleo, la lucha contra la pobreza y cualquier forma de discriminación y la inversión en educación y formación profesional.
Por su parte, la Estrategia de Especialización Inteligente de Andalucía (RIS3) pretende convertir la innovación en una prioridad para la región de forma que contribuya a la transformación económica de la misma.

- Máxima participación y consenso de la ciudadanía en el proceso de elaboración de la estrategia.
Por ello, tanto el disseño inicial de los espacios de participación, como el posterior de las comisiones de trabajo, siguen el modelo de la cuádruple hélice, que integra a las instituciones públicas, a los agentes económicos y sociales, a los centros del conocimiento y a la sociedad civil.
Además, se dará la posibilidad a la ciudadanía de interactura en el proceso a través de herramientas de participación que se habilitarán en la web del PEHU.

- Enfoque territorial.
Desde el inicio de la elaboración del PEHU, se tiene la idea de propiciar la participación de todas las comarcas de la provincia. Así, aprovechando la simultaneidad del inicio del proceso de planificación emprendido por los cinco GDRs de la provincia para la elaboración de sus estrategias para el período 2014 - 2020 se apoya dicho inicio en todas las comarcas, a la vez que se comienza a alimentar el futuro contenido del PEHU.